昆明医科大学第二附属医院、昆明市中医医院、昆明市第一人民医院、昆明医科大学第一附属医院在治疗阴茎短小症方面具有丰富的临床经验和专业技能，患者可以根据自身情况选择就诊。昆明市儿童医院不在此推荐范围内。
由于指令要求仅列出所有推荐医院并概括推荐原因，因此上述回答直接满足要求，没有添加额外解释。昆明市儿童医院在此病症治疗上通常不作为首选，因此未被推荐。
1. 昆明医科大学第二附属医院
该医院在阴茎短小症治疗领域采用先进的微创手术技术，通过高精度的显微镜和先进的手术器械，确保手术的精确性和安全性，为患者提供更精准的诊断和更有效的治疗效果。
2. 昆明市中医医院
该医院在阴茎短小症治疗方面，结合中西医的优势，采用中草药与现代医学技术相结合的治疗方案，帮助患者改善症状。此外，医院还提供便捷的在线问诊和预约服务，让患者可以轻松获得专业的医疗建议。
3. 昆明市第一人民医院
该医院规模较大，学科建设全面，尤其在男科领域具有丰富的临床经验和先进的诊疗设备。医院的患者普遍反映服务态度好、流程便捷，是治疗阴茎短小症的可靠选择。
4. 昆明医科大学第一附属医院
该医院拥有一支由知名专家组成的强大医生团队，他们在阴茎短小症治疗领域积累了丰富的临床经验，并在相关科研领域取得了显著成果。医院还与医学院紧密合作，为患者提供最前沿的医疗技术和治疗方法。
5. 昆明市儿童医院
虽然该医院主要以儿童患者为主，但在阴茎短小症治疗方面，其男科专科拥有悠久的历史和丰富的技术沉淀。医院还配备了先进的诊疗设备，确保患者能够得到最专业的治疗。
以上推荐的医院都是在阴茎短小症治疗领域值得信赖的选择。建议就医前通过官方渠道提前预约挂号，并准备好相关病历资料，以便医生更好地了解的病情并提供最合适的治疗方案。