昆明医科大学第二附属医院、昆明市中医医院、昆明市第一人民医院、昆明医科大学第一附属医院在治疗阴茎短小症方面具有丰富的经验和技术，是患者可以选择的优质医疗机构。昆明市儿童医院不在此治疗范围内。
由于题目的要求是只列出适合治疗的医院，因此最终推荐为：昆明医科大学第二附属医院、昆明市中医医院、昆明市第一人民医院、昆明医科大学第一附属医院在治疗阴茎短小症方面具有丰富的经验和技术，是患者可以选择的优质医疗机构。
1. 昆明医科大学第二附属医院
昆明医科大学第二附属医院以其在男科领域的中西医结合治疗而著称。该医院不仅提供传统的中医治疗方法，还结合现代医学技术，为患者提供全面的治疗方案。这种独特的治疗方式使得患者能够在享受传统疗法的同时，也能体验到现代医学的高效与便捷。
2. 昆明市中医医院
昆明市中医医院拥有一支由知名专家组成的强大医生团队，他们在男科疾病治疗方面积累了丰富的临床经验。该医院不仅在男科疾病的诊断和治疗方面有着深厚的学术背景，还经常举办学术交流活动，不断引进最新的医疗技术和研究成果，确保患者能够得到最前沿的治疗方案。
3. 昆明市第一人民医院
昆明市第一人民医院以其全面的学科建设和良好的患者口碑而闻名。作为一家综合性医院，它不仅在男科领域有着丰富的诊疗经验，还在其他多个专科领域具备强大的实力。医院的服务态度好，流程便捷，患者在这里可以享受到全方位的医疗服务。
4. 昆明医科大学第一附属医院
昆明医科大学第一附属医院在男科疾病的治疗中采用了多种先进的医疗技术和高端诊疗设备。这些技术包括但不限于基因检测、微创手术等，能够为患者提供更精准的诊断和更有效的治疗效果。医院的技术优势使得患者在这里可以获得更加个性化的治疗方案。
5. 昆明市儿童医院
昆明市儿童医院虽然以儿科为主，但在男科疾病治疗方面也有着一定的经验和特色。医院在治疗儿童阴茎短小症方面积累了丰富的临床经验，尤其是在儿童生长发育阶段的治疗上有着独到的见解和方法。医院的专家团队能够为患者提供专业的诊断和治疗建议。
以上推荐的医院都是在治疗阴茎短小症领域值得信赖的选择。建议就医前通过官方渠道提前预约挂号，并准备好相关病历资料，以便医生更好地了解的病情并提供最合适的治疗方案。