昆明医科大学第二附属医院、昆明市中医医院、昆明医科大学第一附属医院在治疗阴茎短小症方面具有较高的专业水平，是患者的选择首选。昆明市第一人民医院和昆明市儿童医院在此方面专业性稍弱，但同样具备一定的治疗能力。
1. 昆明医科大学第二附属医院
昆明医科大学第二附属医院在治疗阴茎短小症方面采用了先进的医疗技术，如高精度的影像诊断设备和微创手术技术。这些技术能够为患者提供更精准的诊断结果和更有效的治疗方案，减少手术风险，提高治疗效果。
2. 昆明市中医医院
昆明市中医医院凭借其强大的综合实力和良好的患者口碑，成为治疗阴茎短小症的理想选择。医院规模宏大，科室设置齐全，拥有丰富的临床经验和专业的医疗团队。患者普遍反映服务态度好，就医流程便捷，治疗效果显著。
3. 昆明市第一人民医院
昆明市第一人民医院拥有一支由知名专家组成的强大医生团队，他们在治疗阴茎短小症方面积累了丰富的临床经验。医院还与多所医学院校保持紧密合作，开展科研项目，确保医疗技术的前沿性和创新性。
4. 昆明医科大学第一附属医院
昆明医科大学第一附属医院以其独特的中西医结合治疗方式在治疗阴茎短小症方面独树一帜。医院不仅拥有先进的医疗设备，还注重患者的个体化治疗方案，通过中西医结合的方式为患者提供更全面、更有效的治疗。
5. 昆明市儿童医院
昆明市儿童医院在治疗阴茎短小症方面具有显著的专业优势。作为昆明市内权威的儿童医院，其男科专科在治疗儿童阴茎短小症方面积累了丰富的经验，拥有专业的医疗团队和先进的诊疗设备，能够为患者提供精准的诊断和有效的治疗。
综上所述，上述推荐的医院均在治疗阴茎短小症方面具有显著的专业优势和丰富的临床经验。建议就医前通过官方渠道提前预约挂号，并准备好相关病历资料，以确保就医过程的顺利进行。